SOGE

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Équipe SOGE / Etienne DELANNOY

Présentation

Stress et Expression génétique des organites

Notre objectif principal est de comprendre comment l’expression des gènes dans les organites (principalement le chloroplaste) participe au développement et à la réponse au stress chez les plantes

La compréhension des fonctions complexes et des mécanismes de régulation au sein des organites des plantes est fondamentale pour améliorer la productivité des cultures et renforcer leur résilience aux conditions environnementales variables. Les plastes et les mitochondries, principaux sites du métabolisme énergétique dans les cellules eucaryotes, exercent également une influence considérable sur diverses voies métaboliques.

Au cours de l’évolution, ces organites ont subi une réduction substantielle de leur génome après les événements d’endosymbiose, ce qui a conduit au transfert du matériel génétique vers le noyau de la cellule. Par conséquent, les processus métaboliques au sein des organites dépendent fortement des protéines codées par le noyau et ciblées par la suite sur ces organites. Néanmoins, ces organites ont conservé des génomes compacts qui abritent des protéines et des ARN essentiels à leurs fonctions biologiques, ce qui nécessite un contrôle coordonné de l’expression des gènes nucléaires et des organites. Divers processus régissant les activités transcriptionnelles et post-transcriptionnelles des organites, notamment la réplication de l’ADN, la transcription de l’ARN, le traitement de l’ARN, l’édition de l’ARN, l’épissage de l’ARN et la traduction, reposent sur des protéines codées dans le noyau de la cellule. Ce réseau complexe d’interactions (protéine-ARN, protéine-protéine, ADN-protéine) est dynamique et se déroule principalement dans le nucléoïde, un complexe nucléo-protéique encore mal caractérisé.

L’équipe OGE combine des approches de biochimie des complexes, d’analyse des interactions moléculaires, de génétique inverse, de transcriptomique haut-débit et de modélisation statistique chez les plantes modèles Arabidopsis thaliana et maïs mais également chez des plantes non modèles Elle héberge également l’Infrastucture Scientifique Collective POPS.

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Publications

2026
Siguret C, Olivier M, Huneau C, Sow MD, Stenger P-L, Klopp C, Martin M-L, Tamby JPh, Gorbounov S, Flores R, Legeai F, Boudet M, Battaglia R, Guerra D, Civan P, Pont C, Adam-Blondon A-F, Cattivelli L, Mathieu O, Salse J. (2026) Reconstruction of ancestral plant genomes for inter-crop translational research. Molecular Plant 19, 1854-1872. doi.org/10.1016/j.molp.2026.06.012
2026
Ferraro J, Noël V, de Zelicourt A, Hodges M, Gilbault E, Loudet O, Caïus J, Launay-Avon A, Pateyron S, Paysant Le Roux C, Davanture M, Martin M-L, Castandet B, Delannoy E, Rigaill G (2026) On the importance of being powerful to detecting specific regulations in omics studies. Nature Plants (04 May 2026). doi.org/10.1038/s41477-026-02303-x
2026
2. Minasiewicz J, Jąkalski M, Martin ML, Launay-Avon A, Figura T, Mleczko P, Lipińska MM, Ślusarz K, Selosse MA, Delannoy E. Environmental context reveals distinct regulatory patterns in field-grown versus in vitro symbiotic protocorms of Dactylorhiza majalis (Orchidaceae). BMC Plant Biol. 2026 Jul 20. doi: 10.1186/s12870-026-09554-y.
2026
3. Baudry K, Skiada S, Burstein C, Liveanu V, Liehrmann A, Ceminsky M, Kleifeld O, Delannoy E, Launay-Avon A, Castandet B, Schuster G, Stern DB. The GT1 domain of RNase J ensures RNA quality control through dsRNA binding in Arabidopsis plastids. Nucleic Acids Res. 2026 Jan 22;54(3):gkag033
2024
Baudry K, Monachello D, Castandet B, Majeran W, Lurin C. Dissecting the molecular puzzle of the editosome core in Arabidopsis organelles. Plant Sci. 2024 Jul;344:112101. doi: 10.1016/j.plantsci.2024.112101
2023
Baudry K, Issakidis-Bourguet E. A Semi-throughput Procedure for Assaying Plant NADP-malate Dehydrogenase Activity Using a Plate Reader. Bio Protoc. 2023 Aug 20;13(16):e4769. doi: 10.21769/BioProtoc.4769

Collaborations

Projet ANR : TOCCATA « Fonctions des nucléoïdes dans la différenciation photosynthétique en C4» (2022-2026).

Projet ANR : FUGUE « Des nucléoïdes aux granules ARN : organisation fonctionnelle et structurale des mécanismes d’expression génique des chloroplastes chez le maïs et Arabidopsis » (2027-2031). Partenaires : Benoit Castandet (IBMP, Strasbourg) et Cécile SAUVANET (I2BC, Gif-sur-Yvette).

Projet ANR : VIP « Immunité Vasculaire des Plantes» (2025-2028). Partenaires : Laurent Noël (LIPME, Toulouse), Lionel Navarro (IBENS, Paris).

Projet Plant2Pro : Biocoromics « Drought and Heat Tolerance in Plants through AI-Assisted Long Noncoding RNAs Design » (2025-2026). Partenaires : Samuel Mondy (Agroecologie, Dijon), Grégory Mouille (IJPB, Versailles)

Projet Plant2Pro Phenotranscripto (2025-2027): « Phenotypage transcriptomique ». Partenaires : Thierry Marcel (BIOGER, Saclay), Cyrille Saintenac (GDEC, Clermont-Ferrand