Trois plateformes
Plateforme EPITRANS
Présentation
La sélection végétale mène inexorablement à une réduction de la variabilité allélique et par conséquent, à des possibilités de plus en plus restreintes pour l’amélioration génétique des plantes cultivées.
Dans un contexte de réchauffement et de dérèglement climatique, un des enjeux majeurs pour l’agriculture mondiale est pourtant le développement de nouvelles plantes résilientes capables de nourrir la population mondiale croissante. il y a donc nécessité à identifier les besoins de l’agriculture de demain, d’identifier les bases génétiques de ces traits agronomiques complexes et de les transférer aux plantes cultivées d’intérêts. En savoir plus
La vocation de la plateforme EPITRANS est d’établir ce lien entre la recherche fondamentale et le transfert de nouveaux allèles pour l’amélioration végétale en mettant à disposition de la communauté scientifique académique et industrielle ses savoir-faire ou ses produits, à savoir :
1. Explorer, créer et exploiter de la variabilité génétique chez les plantes cultivées.
2.Développer des outils de génomique innovants et les améliorer en continue.
3.Mettre à disposition de la communauté scientifique académique et industrielle nos savoir-faire et nos produits afin de les aider dans leurs projets d’investigation et d’amélioration génétique chez les végétaux (transfert de compétences et conseil)
La plateforme EPITRANS est intégrée à l’équipe de recherche ‘FLOwer and CArpel Development ‘ (FLOCAD) Développement floral et déterminisme du sexe », dirigée par A. Bendahmane.
Ce mode de fonctionnement offre plusieurs avantages : les projets de recherche des équipes alimentent les innovations de la plateforme et vice-versa, induisant ainsi une dynamique scientifique très forte en termes de projets déposés, de veille technologique et de relations humaines.
Qualité
La qualité des services offerts par la plateforme EPITRANS et la satisfaction de ces clients ont, depuis toujours, été notre priorité. Nous mettons tout en œuvre pour développer de nouveaux outils innovants et de nouvelles ressources pour répondre à leurs besoins et ainsi faire progresser la recherche en amélioration variétale.
Afin de promouvoir notre politique qualité, à destination de nos clients et de nos tutelles, la plateforme s’est engagée en avril 2019 dans la mise en place un système de management répondant à la norme Iso9001 v2015. Cette certification a été obtenue en avril 2021 après audit d’AFNOR certification et a été renouvelée en avril 2024 pour 3 ans.
Activités
Mutagénèse
Le TILLING (Targeted Induced Local Lesion IN Genome) est un outil de génétique inverse combinant une étape de création de populations de mutants, non OGM, avec une méthode de détection des mutations ainsi induites. Cet outil repose ainsi sur une approche gène candidat, produisant une série allélique, exploitable aussi bien pour de la validation fonctionnelle, qu’en sélection variétale chez des espèces cultivées pour la plupart récalcitrantes à la transformation génétique. En savoir plus
Edition de génome
L’apparition de la technologie CRISPR/ Cas9 a ouvert de nouvelles opportunités en recherche translationnelle pour découvrir et créer de nouveaux allèles de manière plus ciblée, en complément des ressources obtenues par mutagenèse aléatoire, utilisées en TILLING.. En savoir plus
Bioinformatique
Logiciel Sentinel
SENTINEL est un logiciel interne permettant aux utilisateurs de la plateforme d’analyser les données de séquençage NGS et d’archiver les résultats. Il combine un pipeline d’analyse bioinformatique avec des bases de données d’archives.
Le développement d’un nouveau module de SENTINEL, SENTINDEL, permet maintenant l’identification des petites insertions / délétions. En savoir plus
– TILLING-NGS : Les outils développés pour l’identification des mutations sont tous basés sur le séquençage NGS, et des pipelines bioinformatiques adaptés sont développés pour l’analyse et l’archivage des données.
– EMS : La méthode de mutagenèse largement choisie pour la création de populations est celle utilisant l’agent chimique EMS (éthyle méthane sulfonate). Les mutations caractéristiques de l’EMS ainsi induites sont G/A et C/T.
– Fast Neutrons : Pour accroitre la diversité allélique des collections, principalement sur le soja, la mutagénèse par irradiation Fast-Neutron a été développée.
Ce type de mutagenèse est surtout utilisé pour induire des mutants « perte de fonctions » (indel).
Dans ce cadre EPITRANS a développé une plateforme d’édition génétique pour la tomate et le melon utilisant la méthode CRISPR/Cas9. Initialement lancé dans le cadre du projet MultiCrisp, cet outil a pour objectif de faciliter l’analyse fonctionnelle de familles de gènes redondants chez les plantes et à générer des allèles élite ayant une importance agronomique.
Depuis près de 20 ans, la plateforme EPITRANS est activement engagée dans la création d’allèles et l’amélioration variétale d’espèces cultivées. Ainsi elle a déjà identifié un nombre important de gènes candidats, constituant des cibles prometteuses pour l’édition génomique pour relever les défis agronomiques de demain.
Bendahmane, A., Marcel F., Dalmais M., Beaumont G., Mania B. SENTINEL, LOGICIEL dédié à l’analyse TILLING par NGS. Certifié par l’Agence pour la Protection des programmes. Numéro d’enregistrement numérique.FR001.240004.000.R.P.2016.000.10000
UTILLdb UTILLdb est la 1ère base de données TILLING crée sur la plateforme en 2008 pour organiser et intégrer toutes les données relatives aux ressources phénotypiques et génomiques générées sur la plateforme (Dalmais et al., 2008). Deux types de données sont accessibles : les phénotypes morphologiques des mutants, organisés suivant une ontologie propre à chaque espèce et ouvert au public via l’interface web (http://tools.ips2.u-psud.fr/UTILLdb). La base de données recense 4 espèces (pois, tomate, Brachypodium et le lin).
Contacts
Pour toutes demandes de renseignements merci de contacter :
Abdelhafid BENDAHMANE
DR1 – INRAE, responsable d'équipe
Equipements
Grainier
Grainier pour le stockage des collections de mutants avec humidité et température contrôlées
Purification et sélection de taille des banques NGS
PippinHT, Sage Science
Permet l'automatisation de la purification jusqu'à 24 échantillons en parallèle"
Plateforme: "EPITRANS
Station de pipetage automatisée
Beckman FxP Biomek
Configurée pour l'extraction d'ADN (billes et filtration) en plaques 96 puits et autonome jusqu'à 10 plaques simultanément
Communications
Ressources
À ce jour, EPITRANS a généré des collections mutagénisées chimiquement à partir de 19 espèces différentes (melon, concombre, pastèque, courge bouteille, courge, poivron, tomate, pois, Brachypodium, Sauge, Arabidopsis, Lin, Soja), correspondant à près de 300 000 familles M2.
De plus, grâce aux progrès technologiques en matière de mutagenèse par irradiation (telle que l’irradiation par bombardement de neutrons rapides), nous avons généré une nouvelle collection de mutants soja présentant une grande proportion de délétions de 1 à 10 pb.
