COMPASS SILAB / Marie-Hélène Mucchielli-Giorgi & Guillem Rigaill
Présentation
Le projet scientifique de l’équipe COMPASS est d’analyser, modéliser, comprendre et prédire la réponse de plantes modèles ou d’intérêt agronomique à des changements environnementaux à partir d’un ou plusieurs types de données infracellulaires ou omiques.
Pour cela, nous développons des approches de biologie numérique, statistiques, machine learning et bioinformatiques rigoureuses.
Nous nous intéressons plus particulièrement à
• l’analyse et l’intégration des données omiques
• l’inférence et l’analyse de réseaux d’interactions protéine-protéine
• la caractérisation des régions promotrices des gènes via la détection des éléments cis-régulateurs.
Publications
2026
Siguret C, Olivier M, Huneau C, Sow MD, Stenger P-L, Klopp C, Martin M-L, Tamby JPh, Gorbounov S, Flores R, Legeai F, Boudet M, Battaglia R, Guerra D, Civan P, Pont C, Adam-Blondon A-F, Cattivelli L, Mathieu O, Salse J. (2026) Reconstruction of ancestral plant genomes for inter-crop translational research. Molecular Plant 19, 1854-1872. doi.org/10.1016/j.molp.2026.06.012
2026
Ferraro J, Noël V, de Zelicourt A, Hodges M, Gilbault E, Loudet O, Caïus J, Launay-Avon A, Pateyron S, Paysant Le Roux C, Davanture M, Martin M-L, Castandet B, Delannoy E, Rigaill G (2026) On the importance of being powerful to detecting specific regulations in omics studies. Nature Plants (04 May 2026). doi.org/10.1038/s41477-026-02303-x
2025
Pishchagina L, Romano G, Fearnhead P, Runge V, Rigaill G (2025) Online multivariate changepoint detection: leveraging links with computational geometry. J. Royal Statistical Society Series B: Statistical Methodology, qkaf046. doi.org/10.1093/jrsssb/qkaf046
2025
Bidard F, Grognet P, Lelandais G, Imbeaud S, Mucchielli-Giorgi M-H, Debuchy R, Berteaux-Lecellier V, Malagnac F (2025) Sexual reproduction is controlled by successive transcriptomic waves in Podospora anserina. Peer Community Journal Vol.5, no. e68. doi.org/10.24072/pcjournal.574
2025
Vazeux-Blumental N, Mathieu L,Trabac T, Palaffre C, Lagardère B, Carraretto M, Bauland C, Le Guilloux M, Paysant Le Roux C, Caïus J, Marmagne A, Enjalbert J, Flutre T, Le Cadre E, Parnaudeau V, Muller D, Moënne-Loccoz Y, Manicacci D, Tenaillon MI (2025). Revival of traditional agricultural systems – A multidisciplinary on-farm survey of maize-bean intercropping reveals unexpected competition effects on beans. Plants, People, Planet, 1–16. doi.org/10.1002/ppp3.70049
2025
Balliau T, Frambourg A, Langella O, Martin M-L, Zivy M, Blein-Nicolas M, (2025) MCQR: Enhancing the Processing and Analysis of Quantitative Proteomics Data by Incorporating Chromatography and Mass Spectrometry Information. J. Proteome Res. (May 20), 1535-3893. doi.org/10.1021/acs.jproteome.4c01119