Analyse GC-MS

• Profilage des métabolites

 Il permet l’identification d’un grand nombre de métabolites primaires comme les acides organiques, les acides aminés , les sucres et quelques acides gras. Nous travaillons avec la bibliothèque Fiehn d’environ 700 métabolites

•Profilage des métabolites volatiles

Il permet d’identifier et/ou de quantifier les composés volatiles (le plus souvent, des métabolites spécialisés comme les terpènes et les composés phénoliques) :

– par la librairie FLAVOR de plus de 400 molécules contenant à la fois le spectre de masse et le temps de rétention attendu

– par la librairie NIST 2023 ( NIST/EPA/NIH Mass Spectral Library) rassemblant les spectres MS de plus de 340 000 molécules .

Les profilages permettent de réaliser des spectres MS d’un ensemble de composés contenus dans une matrice et d’avoir leurs quantifications relatives. Toutes les données peuvent être traitées pour appliquer un traitement statistique et trouver de possibles corrélations (PCA, Heat Map, Réseaux…)

Analyses TD-GC-MS (Volatilomique) :

La TD-GC-MS utilise des tubes de désorption thermique afin d’analyser les composés organiques volatils ou semi-volatils et les métabolites volatiles émis par les plantes. L’équipement comporte un système de piégeage dynamique : les gaz sont aspirés par une pompe de précision et accumulés sur un tube piégeant les composés. Un débit-mètre permet d’intégrer au cours du temps le volume total de gaz prélevé.

Analyses LC:

Les analyses LC permettent selon l’application la quantification absolue d’une classe de métabolite. Les applications sont :

• Les acides aminés (NB la Proline ne peut pas être dosée par cette méthode)

• Sucrose, Glucose et Fructose

• Molécules phénoliques

• Amidon

• Anions ( fluorure, Chlorure, Nitrite, Bromure, Nitrate, Phosphate, Sulfate)

Analyses LC-MS:

L’analyse LC-MS permet la quantification absolue de 25 cofacteurs-nucléotides préalablement extraits d’une matrice. La chromatographie liquide va permettre de séparer les différents métabolites présents dans la matrice et le spectromètre de masse de les identifier et les quantifier par la masse exacte de l’ion de chaque cofacteur-nucléotides.

Analyses IRMS :

 Le couplage EA-IRMS a pour but l’analyse en parallèle de la composition élémentaire en % de masse pour le Carbone et l’azote et de l’analyse isotopique du carbone (¹³C/¹²C) et de l’azote (¹⁵N/¹⁴N) . Les échantillons peuvent être de la matière organique totale (poudre sèche végétale ou animale) ou des métabolites préalablement purifiés et séchés.

Analyses RMN :

Les analyses RMN permettent l’acquisition d’expériences 1 Dimension : H, ¹³C, ¹⁵N et ³¹P et/ou 2 Dimensions homo ou hétéro nucléaire (ex : HSQC, COSY….).Ces acquisitions peuvent permettent la quantification absolue dans la matrice (ex : Activité enzymatique), l’identification structurale ou encore de pouvoir de suivre un enrichissement isotopique dans les positions intramoléculaires.

Analyses à façon :

Avec ses différents appareils et ses expertises, la plateforme peut développer, à façon des analyses ciblées pour une classe de métabolites d’intérêt (terpènes, alcanes, acides gras, arômes, composés volatiles…).

Tout projet de demande d’analyse doit faire l’objet d’une demande auprès du Directeur scientifique, éventuellement discutée en comité exécutif pour définir les priorités au sein de la Plateforme (lorsque les demandes sont nombreuses). A réception du devis, vous aurez à remplir un formulaire de d’entente préalable. Ce formulaire est important pour le système de management de la qualité de la Plateforme et est également essentiel pour s’accorder sur les termes de paternité des résultats scientifiques (simple prestation ou collaboration scientifique avec co-paternité des résultats). 

Tout projet de formation doctorale ou post-doctorale ou encore de développement analytique avec les outils de la Plateforme doit faire l’objet d’une demande auprès du Directeur ou de la Coordinatrice technique, accompagnée d’une fiche de demande spécifique Recherche et Formation que ces derniers vous feront parvenir.

Tarifs :

Les grilles tarifaires et notre politique tarifaire sont expliquées sur le document ci-dessous. Pour plus de renseignements, contactez-nous par téléphone ou e-mail.

Visualiser le fichier «Grille_tarifaire_SPOmics2024.pdf» en ligne

Protocoles :

Nous tenons à votre disposition (écrivez-nous) : Protocole de préparation des échantillons pour analyse isotopique de la matière organique; Protocole de préparation des échantillons et extraction pour GC-MS; Notre base de données des indices de rétention GC.

Traçabilité :

Les données de la Plateforme Métabolisme Métabolome sont gérées selon un plan de gestion FAIR (Findable Accessible Interoperable Reusable) développé sous l’outil DMP OPIDoR, avec la collaboration de l’informaticienne Valérie Cantonny.

Ce plan de gestion de données inclut notamment le dépôt des données métabolomiques dans un outil de traçabilité des données. DORA est une application web open source qui permet de partager, préserver, citer, explorer et analyser des données de recherche.

https://dora.ips2.universite-paris-saclay.fr

Sur demande, le dépôt des données métabolomiques peut également être réalisé dans le système dataverse de l’INRAE ( https://data.inrae.fr/dataverse/SPOmics), selon les normes ou standards du domaine. La norme internationale MSI (Metabolism Standard Initiative) est suivie. Il est nécessaire de suivre ces standards qui donnent une référence pour diffuser les données dans les publications et les bases internationales telle que MetaboLights. Référence : Valérie Cantonny, Bertrand Gakière, Françoise Gilard. DMP du projet ”Plan de gestion de données de la plateforme métabolisme métabolome version 5.3”. Inist-CNRS. 2018. hal-04437422